در حال حاضر اين دانشگاه به چند شکل مختلف دانشجويان را جذب مي کند. در شکل اول، 
داوطلبين براي ثبت نام در اين دانشگاه بايد در آزمون سراسري (کنکور) که هرساله توسط سازمان سنجش برگزار مي شود، شرکت نمايند. کليهداوطلبيني که در آزمون نمره حد نصاب لازم براي انتخاب رشته را کسب نمايند و مجاز بهانتخاب رشته شوند، مي توانند شعبه بين المللي دانشگاه علوم پزشکي زاهدان در چابهاررا بعنوان محل تحصيل انتخاب نمايند.
در اولين دوره که از بهمن سال 86 شروع شد تنها رشته هاي پزشکي و دندان پزشکي ارائه شد، اما در سال 87 رشته هاي مامايي و پرستاري درمقطع کارشناسي هم در نظر گرفته شده وداوطلبيني که در کنکور سراسري مجاز به انتخابرشته مي شوند مي توانند اين رشته ها را نيز انتخاب نمايند. از سال 88 رشته هایکارشناسی تغذیه و کارشناسی فن آوری اطلاعات سلامت و همچنین رشته آموزش بهداشت درمقطع کارشناسی ارشد، در این شعبه پذیرای دانشجویان خواهد بود.
سال تحصيلي در اين دانشگاه هر ساله از بهمن شروعمي شود. بنابر اين دانشجوياني که در کنکور امسال شرکت کرده اند نيز از بهمن به جمعدانشجويان خواهند پيوست. براي ورود به مقاطع دکتري پزشکي و دندان پزشکي، امسال شرطداشتن معدل سال سوم (پيش دانشگاهي) بالاتر از 15 نيز
مطرح بود که به احتمال زياد دردوره هاي ديگر هم چنين شرطي وجود خواهد داشت.علاوه بر اين و به عنوان شکل ديگري ازپذيرش دانشجو، دانشجوياني که بخشي از تحصيلات خود را در يکي از دانشگاه هاي خارج ازکشور گذرانده اند، در صورت تمايل به بازگشت به ايران مي توانند بقيه مدت تحصيل خوددر ايران را در اين دانشگاه سپري نمايند که در حال حاضر بخشي از دانشجويان دانشگاهرا اين دانشجويان تشکيل مي دهند.
در شکل سوم، پذيرش دانشجويان مقاطع کارشناسي بهکارشناسي ارشد و دکتري حرفه رشته هاي مرتبط با پزشکي و بهداشت مطرح است که عمدتا ازطريق سازمان سنجش و آزمون هايي که اين سازمان برگزار مي کند، پذيرش انجام خواهد شد. در زمينه پذيرش دانشجوي خارجي هنوز قوانين و مقررات يکپارچه و مدوني تصويب نشدهاست. دانشگاه در حال حاضر 46 دانشجوي در رشته هاي پزشکي و دندان پزشکي دارد که همگيآنها ايراني هستند. کليه اساتيد دانشگاه در حال حاضر ايراني هستند و دانشگاه اينآزادي عمل را دارد که علاوه بر اساتيد دانشگاه مادر، از اساتيد مبرز ساير دانشگاههاي علوم پزشکي در سرتاسر کشور، دعوت بعمل آورد. کليه مدارک در رشته هايي که تاکنونبه آنها اشاره شد مورد تائيد وزارت بهداشت بوده و در داخل ايران معتبر مي باشند.